Przeniesiony następnie do działu planowania kopalni Artur w Sierszy pracował tam do momentu wyzwolenia w 1945.
W styczniu 1945 powrócił na stanowisko kierownika kopalni Zbyszek pomagając ją uruchomić po zniszczeniach wojennych, a w kwietniu 1945 przeniósł się do Krakowa rozpoczynając pracę jako adiunkt i wykładowca mechaniki na Wydziale Górniczym Akademii Górniczej. W lipcu obronił pracę doktorską, nad którą pracował w czasie okupacji, a której promotorem był prof. Witold Budryk. W 1946 na podstawie pracy Ciśnienie górotworu na obudowę tuneli i wyrobisk górniczych uzyskał habilitację i został mianowany docentem. Powierzono mu obowiązki kierownika tworzącej się Katedry Mechaniki Technicznej przekształconej później w Katedrę Mechaniki Górniczej. Na stanowisku tym Antoni Sałustowicz pozostał do końca życia. W 1948 uzyskał nominację na profesora nadzwyczajnego, a w 1956 został profesorem zwyczajnym. W 1961 został wybrany na członka korespondenta Polskiej Akademii Nauk. W latach 1948–1950 pełnił funkcję prodziekana, a w latach 1950–1952 dziekana Wydziału Górniczego AGH ustępując z funkcji ze względu na zły stan zdrowia.