Był przeświadczony, że mógłby zapobiec niepotrzebnym zgonom. I postanowił dopuścić się nieposłuszeństwa obywatelskiego, by zmienić prawo.
W 1968 Morgentaler porzucił praktykę lekarza rodzinnego i rozpoczął wykonywanie aborcji w swojej prywatnej przychodni. W tym czasie aborcja była nielegalna z wyjątkiem przypadków, w których kontynuowanie ciąży zagrażało życiu kobiety ciężarnej. W dniu 26 sierpnia 1969 roku, nowelizacja kodeksu karnego zalegalizowała aborcję w Kanadzie, jeśli zostanie wykonana w szpitalu po zatwierdzeniu przez Komitet Aborcji Terapeutycznej. Nie było jednak żadnego wymogu by szpitale powoływały komitety, i ostatecznie zrobiła to tylko około jedna trzecia szpitali, pozostawiając wiele kobiet bez dostępu do legalnej aborcji i zmuszając je do podróży – wywołując przeszkody i opóźnienia. Niektóre komisje nigdy się nie zbierały. Nawet, gdy się zebrały, nigdy nie oglądały „pacjentki”, a jednak jej los zależał od ich subiektywnych opinii. Ponadto nie było odwołania od decyzji Komitetów Aborcji Terapeutycznych. W efekcie, system był rażąco nieuczciwy.