Aborcje Morgentalera pozostały nielegalne w świetle nowego prawa, bo nie przedstawiał ich z wyprzedzeniem do zatwierdzenia Komitetom Aborcji Terapeutycznych; stały się legalne w 1988 roku, kiedy sekcja 251 kodeksu karnego (obecnie znana jako sekcja 287) została uznana za niekonstytucyjną przez Sąd Najwyższy Kanady.
Kiedy w 1976 roku prowincja Québec zaprzestała ścigania go, Morgentaler otworzył przychodnię aborcyjną w Ontario. Inne prowincje, pomimo że ścigały go dalej, poszły w ślady Québecu i Ontario, gdzie napływ pacjentek umożliwił funkcjonowanie przychodniom otwartym przez doktora Morgentalera. W 2003 roku udało mu się zamknąć przychodnie w Halifaksie, ponieważ lekarz, którego wyszkolił, rozpoczął wykonywanie aborcji w szpitalu lokalnym – Centrum Nauk Medycznych imienia Królowej Elżbiety Drugiej (Queen Elizabeth II Health Sciences Centre).
W 2006 roku Morgentaler zaprzestał wykonywania aborcji po operacji pomostowania tętnic wieńcowych. Prowadził jednak nadal nadzór nad pracą w swoich sześciu prywatnych przychodniach.