Otrzymał potwierdzenie habilitacji od Austriackiego Federalnego Ministerstwa w maju 1936 przebywając w tym czasie w stolicy Mjanmy, Rangunie. Po powrocie, na początku 1939 roku odebrał osobiście nominację na Uniwersytecie w Grazu w Instytucie Geografii. Plany na kolejną wyprawę w chińskiej prowincji Junnan zostały przerwane atakiem Niemiec na Polskę we wrześniu 1939 roku.
Zagadką dla opinii publicznej była rola jaką odgrywał Hugo Bernatzik dla rządu Trzeciej Rzeszy i w trakcie II Wojny Światowej. Na początku wojny, Bernatzik został powołany do Sił Zbrojnych i służył w Wiener-Neustadt, jako oficer szkoleniowy w Luftwaffe. Od samego początku wojny próbował wszelkich starań, aby uwolnić się od obowiązku służby, aby móc wydać przewodnik po Afryce. Projekt ten został przygotowany, aby dać oficerom niemieckim i europejskimi osadnikom podstawową wiedzę o krajach afrykańskich i ich ludności. Został on wprowadzony do użytku przez Biuro Polityki Kolonialnej NSDAP, którego kierownik Franz Ritter von Epp był generałem w Afryce podczas I Wojny Światowej. Pod wrażeniem pracy Bernatzika, Ritter von Epp udzielił kilku rekomendacji dla przewodnika przez co otrzymał on status strategicznego dla celów wojny, pomimo faktu, że władze Berlina szybko straciły zainteresowanie kwestią kolonialną.