Protekcja generała Ritter von Epp pozwoliły Bernatzikowi i kilku jego bliskim kolegom przetrwać wojnę bez większego uszczerbku.
Jednakże żadna z wypraw Hugo Bernatzika nie miała związku z jakimikolwiek niemieckimi roszczeniami kolonialnymi. Kierunki, dane i zainteresowania naukowe jasno wskazywały jego neutralność badawczą. W czasie wojny, Bernatzik pracował również nad ukończeniem jego najważniejszej publikacji, monografii o Akha i Miao. Między rokiem 1940 i 1942, jeździł wielokrotnie w okupowanego Paryża, aby współpracować z francuskimi etnologami i aby, móc uzyskać dostęp do różnych kolonialnych archiwów, które pomogły by mu ukończyć zaczętą pracę. Starał się, jak to możliwe, aby pomóc prześladowanym kolegom z paryskiego Musee d L’Homme i aby zapobiec wandalizmu archiwów i kolekcji. Oba rękopisy, Przewodnik po Afryce i monografia o Akha i Miao, zostały zniszczone w gruzach Bibliographisches Institut w Lipsku w grudniu 1943 r. po nalocie bombowym aliantów;