Rada Najwyższego Urzędu Kontroli składa się z Prezesa Urzędu, Wiceprezesa Urzędu oraz członków Urzędu. Decyzje Rady są przyjmowane w wyniku głosowania. Aby dane rozwiązanie zostało przyjęte, musi zostać osiągnięta większość zwykła. W przypadku braku rozwiązania, głos Prezesa lub Wiceprezesa jest decydujący. Kworum Rady zostaje osiągnięte, kiedy więcej niż połowa członków Rady bierze udział w posiedzeniu.
Rada Najwyższego Urzędu Kontroli zostaje zwołana przez Prezesa nie później niż 15 dni po wybraniu co najmniej 10 członków Urzędu. Prezes podczas pierwszej sesji Rady przedkłada regulamin jej pracy oraz regulamin pracy senatów. Obowiązkiem Prezesa jest przekazanie Radzie przepisów dyscyplinarnych nie później niż 2 miesiące po pierwszej sesji Rady.
Senaty Najwyższego Urzędu Kontroli Do kompetencji senatów Najwyższego Urzędu Kontroli (cz. Senáty Úřadu) należąː zatwierdzanie wniosków do audytów w sprawach, w których zostały powołane orzekanie w sprawach odwołań dotyczących danego audytu.
Senaty Najwyższego Urzędu Kontroli są powoływane przez Radę w momencie, kiedy Urząd kończy pracę nad danym audytem. Składają się z 3 lub większej ilości członków Rady Urzędu, a decyzje podejmują w wyniku głosowania.