Viceprezident Úřadu) należy wypełnianie obowiązków Prezesa w czasie jego nieobecności oraz wykonywanie części obowiązków Prezesa, jeżeli zasady pracy Urzędu tak określają.
Lista Wiceprezesów Najwyższego Urzędu Kontroli Wiceprezes Najwyższego Urzędu Kontroli Okres sprawowania urzędu Václav Peřich 1993 – 2002 Dušan Tešnar 2003 – 2007 Zdeňka Horníková 2013 –
Rada Najwyższego Urzędu Kontroli Do kompetencji Rady Najwyższego Urzędu Kontroli (cz. Kolegium Úřadu) należąː zatwierdzanieː rocznego planu audytów projektu budżetu składanego przed Izbą Poselską wniosków, na podstawie których Urząd wydaje opinię na temat rozliczenia księgowego państwa na koniec roku sprawozdania rocznego regulaminu Zarządu oraz Senatu zasad organizacyjnych i dyscyplinarnych Urzędu podejmowanie decyzji w sprawie odwołań dotyczącychː treści audytów stronniczości urzędników przeprowadzających audyt rozpatrywanie zasad pracy Urzędu przedłożonych przez Prezesa Urzędu.