Piotra Kaczanowskiego przejęła obowiązki kierownika Zakładu Archeologii Epoki Żelaza Instytutu Archeologii UJ.
Poza działalnością naukowo-dydaktyczną w latach 1991-1994 była członkiem Komisji Źródłoznawczej Komitetu Nauk Pra- i Protohistorycznych Polskiej Akademii Nauk, a od 1999 roku jest członkiem Komisji Archeologicznej PAN Oddział w Krakowie. W latach 1999–2003 pełniła funkcję wiceprzewodniczącej tejże Komisji. Od roku 1996 jest członkiem Komisji Prehistorii Karpat Polskiej Akademii Umiejętności.
Dorobek naukowy Zainteresowania badawcze Renaty Madydy-Legutko koncentrują się na studiach nad zróżnicowaniem kulturowym środkowoeuropejskiego Barbaricum oraz nad chronologią i zróżnicowaniem części stroju w okresie wpływów rzymskich. Jest autorką fundamentalnych prac dotyczących problematyki typologii, chronologii i rozprzestrzenienia metalowych części pasów używanych przez ludność barbarzyńskiej Europy w okresie rzymskim i wczesnej fazie okresu wędrówek ludów. Interesuje się ponadto zagadnieniem osadnictwa w rejonie górskim w okresie rzymskim, szczególnie w strefie karpackiej. Kierownik i uczestnik wielu badań wykopaliskowych oraz projektów grantowych.