Po aresztowaniu, został pozbawiony szlachectwa. a wyrokiem sądu rosyjskiego skazany został na służbę w Orenburskim Batalionie Liniowym. Ze służby został zwolniony po pięciu latach ze względu na stan zdrowia. Cały czas pozostawał pod nadzorem policji. Według innej (niepotwierdzonej) wersji został zesłany do Nerczyńska, a do Słabkowic z zesłania wrócił w 1857 na mocy amnestii dla więźniów politycznych ogłoszonej po wstąpieniu na tron cara Aleksandra IIGazeta Kielecka, 1931, nr 34. Jego listy z Rosji uznane za ważne źródło ludoznawcze dotyczące Kazachów zostały opublikowane w 1856 w „Kronice Wiadomości Krajowych i Zagranicznych” pt. Kirgiz i stepy.
W porozumieniu z bratem Konstantym zadecydował o sprzedaży zadłużonego majątku ziemskiego w Słabkowicach, który 22 czerwca 1859 roku nabył od Bemów prawnik Robert Łuniewski. Po sprzedaży Aleksander pracował jako oficjalista dworski, a Konstanty został dzierżawcą majątku ziemskiego w Dębskiej Woli. Aleksander Bem zmarł 27 sierpnia 1873 roku w Pińczowie jako bezdzietny kawaler.