Przed transportem zostały poddane szeregowi zabiegów, najpierw przy zdejmowaniu ich ze ścian katedry w Faras, a następnie w celu wzmocnienia i zabezpieczenia w trakcie transportu. Dlatego właściwą realizację zadania poprzedziły analizy teoretyczne, rozważania etyczne oraz seria eksperymentów. 17 grudnia 1962 roku pierwsze z malowideł, Archanioł Michał z mieczem oraz Merkuriusz, dotarły do Muzeum Narodowego w Warszawie, gdzie do 2 marca 1963 roku poddawano je pracom konserwatorskim i renowacyjnym, w wyniku których miały być gotowe do pokazania zarówno na ekspozycji stałej, jak i na czasowych wystawach zagranicznych. Pracami kierował początkowo Konstanty Tiunin (1962-1963) a następnie dr Hanna Jędrzejewska (1964-1969), wreszcie konserwator Józef Gazy (1970-1974). Ponadto w pracach brał udział zespół konserwatorów i pracowników technicznych Muzeum Narodowego w Warszawie oraz konserwatorzy i laboranci zaproszeni z zewnątrz. Ponadto dwa malowidła z Kaplicy Biskupa Joannesa przesłano do pracowni konserwatorskiej profesora Pico Celliniego w Rzymie.