28 lipca 2016 (czwartek) Drugiego dnia swojej wizyty w Polsce papież nawiedził rano Klasztor Sióstr Ofiarowania. Następnie, poza oficjalnym programem, udał się do Szpitala Uniwersyteckiego, by odwiedzić chorego kard. Franciszka Macharskiego. Po podróży samochodem na Jasną Górę, papież udał się do kaplicy na modlitwę przed obrazem Matki Boskiej Częstochowskiej. Franciszek podarował paulinom "różę papieską", sam zaś otrzymał kopię obrazu jasnogórskiego.
Na błoniach jasnogórskich odprawiona została msza z okazji 1050-lecia chrztu Polski. W homilii Franciszek zachęcał do budowania jedności ponad krzywdami przeszłości i wskazywał na bliskość Boga w codzienności. Po powrocie do Krakowa papież odebrał klucze od władz miasta i udał się tramwajem wraz z osobami niepełnosprawnymi na Błonia, gdzie spotkał się z uczestnikami ŚDM, podkreślając radosny charakter święta jubileuszowego. Dzień zakończyło kolejne spotkanie w "oknie papieskim", poświęcone tematowi małżeństwa i rodziny.