29 lipca 2016 (piątek) Trzeciego dnia swojej wizyty w Polsce papież, w obecności kard. Stanisława Dziwisza i nuncjusza apostolskiego w Polsce, odprawił rano prywatną mszę w kaplicy Pałacu Arcybiskupów Krakowskich. Następnie udał się samochodem do Oświęcimia, gdzie złożył wizytę w byłym niemieckim obozie koncentracyjnym Auschwitz-Birkenau. Papież przekroczył bramę Arbeit macht frei, wszedł na dziedziniec "Bloku 11", zapalił lampę przed ścianą straceń oraz pomodlił się w celi, w której zginął śmiercią męczeńską św. Maksymilian Maria Kolbe. W części Birkenau ojciec święty spotkał się ze Sprawiedliwymi wśród Narodów Świata.
Po powrocie do Krakowa Franciszek odwiedził Uniwersytecki Szpital dla dzieci w Prokocimiu, a następnie udał się na Błonia, by wraz z młodzieżą uczestniczyć w Drodze Krzyżowej. W przemówieniu podkreślił powołanie do służenia Jezusowi w każdym cierpiącym człowieku. Dzień zakończył się trzecim spotkaniem w "oknie papieskim" przy Franciszkańskiej 3. Papież nawiązał do wizyt w Auschwitz i szpitalu, wskazując, że Chrystus cierpi również dzisiaj w osobach chorych, głodnych i torturowanych.