W tym czasie ukrywał na strychu plebanii przed ludźmi „Ognia” syna organisty, na którego partyzanci wydali wyrok śmierci bowiem ten nie chciał do nich przystąpić.
W początkach 1948 odwołał swoje zobowiązanie do współpracy, a 6 lutego został aresztowany po raz kolejny i skazany na pół roku więzienia, tym razem za odprawienie mszy w intencji poległych członków oddziału partyzanckiego Wiarusy, dowodzonej przez Józefa Świdra jednostki złożonej głównie z dawnych partyzantów oddziału Józefa Kurasia, którzy odmówili demobilizacji. Wkrótce potem, 12 listopada 1948 został ponownie aresztowany przez jednostki Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego i oskarżony o branie udziału w związku mającym na celu zbrodnię, lub udzielanie mu pomocy (art. 14 § 1 tzw. małego kodeksu karnego). 7 stycznia 1949 Wojskowy Sąd Rejonowy w Krakowie skazał go na półtora roku więzienia, jednak 17 stycznia 1949 w wyniku podania o rewizję wyroku Naczelny Sąd Wojskowy zmniejszył karę do 6 miesięcy.