13 stycznia 1950 został ponownie aresztowany, wraz z Edmundem Chodakiem i kilkoma innymi członkami rabczańskiej konspiracji, i stanął przed sądem za „działalność antypaństwową”. Oskarżono go z artykułu 86 § 2 tzw. kodeksu karnego Wojska Polskiego o próbę zmiany ustroju Państwa Polskiego przemocą. Choć sprawa ataków na sierociniec znalazła się w akcie oskarżenia, ostatecznie nie uwzględniono jej w wyroku. Ostatecznie po śledztwie połączonym z torturami w 1951 roku Józef Hojoł został skazany na 12 lat ciężkiego więzienia we Wronkach, a także utratę praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na 5 lat oraz przepadek całego mienia na rzecz Skarbu Państwa. Po ogłoszonej 22 listopada 1952 amnestii wyrok zmniejszono do ośmiu lat więzienia, a 4 stycznia 1955 biskup Franciszek Jop zwrócił się do krakowskiego Urzędu do Spraw Wyznań o darowanie mu reszty kary i przedterminowe zwolnienie z więzienia. Prośbę spełniono i 18 stycznia 1955 roku Józef Hojoł wyszedł na wolność.