Po odzyskaniu wolności przez pewien czas był wikariuszem parafii w krakowskiej dzielnicy Prądnik Czerwony, nie uzyskał jednak zgody na objęcie wikariatu w krakowskiej parafii św. Mikołaja, wobec czego został administratorem parafii w Gruszowie, a ostatecznie przeniesiono go do Giebułtowa, początkowo jako administratora, a następnie jako proboszcza. Jeszcze w 1966, w czasie obchodów Tysiąclecia Państwa Polskiego, był inwigilowany przez Służbę Bezpieczeństwa i traktowany jako wróg ustroju. Inwigilacja Hojoła przez tajne służby PRL trwała do lat 80. XX wieku. W 1984 opuścił parafię i przeniósł się na stałe do Domu Księży Chorych w Swoszowicach. Wszelkie wyroki przeciwko niemu zostały unieważnione w 1993. Zmarł 19 lipca 1996 w Krakowie. Pochowany został na cmentarzu parafialnym we Frydrychowicach.
W uznaniu zasług Józef Hojoł został nagrodzony przywilejem noszenia rokiety i mantoletu. W 2011 w kościele św. Marii Magdaleny w Rabce-Zdroju umieszczono tablicę upamiętniającą działalność niepodległościową ks.