Administracyjne Wszystkie posiadłości Zakonu zostały przejęte przez rząd francuski.Powołano Commission de gouvernement (Komisję Rządową) do zarządzania wyspą, w skład której wchodzili: Gubernator Wojskowy: Claude-Henri Belgrand de Vaubois Komisarz: Michel-Louis-Étienne Regnaud Przewodniczący Komisji Cywilnej: Jean de Boisredon de Ransijat Sekretariat Komisarza: Coretterie Członkowie: Don Francesco Saverio Caruana (kanonik Katedry w Mdinie) baron Jean-François Dorell (prawnik) dr Vincenzo Caruana (sekretarz arcybiskupa i przewodniczący sądu) Cristoforo Frendo (notariusz) Benedetto Schembri (sędzia) Paolo Ciantar (kupiec) Carlo Astor
oraz Commission des domaines (Komisję Własnościową) w składzie: Martthieu Poussielgue Jean-André Caruson Robert Roussel
Nadto Malta została podzielona na kantony i gminy. Każda była zarządzana przez prezydenta, sekretarza i dwóch członków. Kanton Malty Gmina Zachodnia (Valletta i Floriana) Gmina Wschodnia (Birgu, Isli i Bormli) Kanton Mdiny, Rabatu i Dingli Kanton Żebbuġ Kanton Qormi i Luqa Kanton Naxxar, Mosty i Għargħur Kanton Birkirkary, Lija, Balzan i Attard Kanton Siġġiewi, Qrendi i Mqabba Kanton Żejtun, Żabbar, Għaxaq i Tarxien Kanton Żurrieq, Safi, Kirkop i Gudja Francuskim Komendantem Gozo został Jean-Louis-Ebénézer Reynier.