Wyspa podzielona została na dwie gminy: Gmina Miasta Gozo (Rabat, Għarb, Sannat i Xewkija) Gmina Caccia (Xagħra, Żebbuġ i Nadur) Została również utworzona Gwardia Narodowa.
Edukacyjne thumb|240px|Znak uliczny umieszczony podczas francuskiej okupacji na fasadzie Biblioteki Narodowej Malty Zostały utworzone szkoły podstawowe w głównych miastach i wsiach. 60 studentom zezwolono na studiowanie we Francji. Uniwersytet Maltański został przemianowany na Polytecnique i zaczęto tam wykładać przedmioty ścisłe. Faktycznie jednak żadna z tych reform nie urzeczywistniła się ze względu na krótki okres rządów francuskich.
Relacje Kościół – Państwo Obszerne nieruchomości kościelne zostały przejęte przez rząd, poszczególne zakony religijne miały prawo do utrzymania jedynie jednego zgromadzenia żeńskiego każdy. Inkwizycja została zniesiona, a ostatni inkwizytor został wypędzony z wyspy.
Niedługo później francuscy żołnierze zaczęli grabić posiadłości kościelne, co stało się jedną z głównych przyczyn powstania maltańskiego przeciwko Francuzom.
Powstanie maltańskie