do 1956 opublikował kilka prac między innymi o funkcjach eliptycznych i automorficznych, całkach abelowych i formach kwadratowych w Mathematische Annalen i Mathematische Zeitschrift.
Około 1946, najprawdopodobniej przypadkowo, spotkał się ponownie z Erhardem Schmidtem, który po wojnie odbudowywał matematykę na Uniwersytecie w Berlinie i mieszkał niedaleko Heegnera. Mimochodem wspomniał o swoich pracach nad problemem Gaussa i Schmidt oraz Helmut Hasse (który miał już kontakt z Heegnerem w latach 30. z okazji publikacji jego prac w Crelles Journal) załatwił mu posadę w Zentralblatt für Mathematik w Instytucie Badawczym Matematyki Akademii Nauk, gdzie pracował w latach 1947–1950. Później przeszedł na emeryturę. Wydaje się, że nigdy nie starał się o stałą pracę na uniwersytecie i habilitował się najwyraźniej, by zyskać uznanie jako matematyk.
Końcowe lata Heegner zmarł w biedzie w swoim mieszkaniu w berlińskiej dzielnicy Steglitz, w którym mieszkał od 1932 przy ulicy Elisenstraße 7. Znaleziono go 2 lutego 1965, ale prawdopodobnie zmarł kilka dni wcześniej około 31 stycznia. Pod koniec życia wspierała go siostra Charlotte Hensel, żona nauczyciela matematyki Ernsta Hensela (niespokrewnionego z Kurtem Henselem).