Wersja mówiąca o tym, że wieś została spacyfikowana w odwecie za wspieranie ukraińskiego nacjonalistycznego podziemia, według Jareda McBride’a nie jest poparta żadnymi dowodami.
Przebieg Oddział pacyfikacyjny przybył do Malina samochodami z Ołyki 13 lipca 1943 roku rano. Komisja pod przewodnictwem oceniła później liczebność ekspedycji karnej na 1500 ludzi. Na ich widok Ukraińcy z Malina Ruskiego rzucili się do ucieczki; napastnicy strzelali do uciekających. Jeszcze w trakcie pacyfikacji Malina Ruskiego napastnicy przenieśli się do Malina Czeskiego. Tam, odwiedzając każde gospodarstwo, wypędzali ludzi z domów jakoby celem sprawdzenia dokumentów, nie wyłączając dzieci, chorych i kalek. Czechom tłumaczono, że trwa poszukiwanie partyzantów, którzy mieli kryć się we wsi. Istotnie, Niemcy odkryli i pojmali kilku partyzantów leczonych w miejscowym szpitalu. Po południu spędzonych w jedno miejsce Czechów zaprowadzono do Malina Ruskiego i zgromadzono razem z Ukraińcami. Tam, ponownie sprawdzając dokumenty, dzielono ludzi na grupy według płci, wieku i narodowości. Większość czeskich kobiet z dziećmi i starcami zawrócono do Czeskiego Malina i, po zamknięciu w stodołach, głównie w obejściu Josefa Dobrego, spalono. 50 lub 80 osób, przeważnie czeskich mężczyzn sprawcy zamknęli w budynku szkoły w Malinie Ruskim.