Około 155 osób, głównie ukraińskich mężczyzn zostało uwięzionych w cerkwi. Budynek szkoły został spalony wraz z ludźmi, natomiast osoby zgromadzone w świątyni zostały obrzucone granatami i ostrzelane z broni maszynowej. Ponadto spalono w dwóch pobliskich stodołach około 90 kobiet, dzieci i starców. Obłożnie chorych ze szpitala w Malinie Czeskim zawleczono do stodoły Bedřicha Činki i także spalono.
Według raportu komisji Procházki w trakcie pacyfikacji zabijano kobiety z dziećmi błagające na kolanach o darowanie życia; dzieci nabijano na bagnety i wrzucano do ognia. Do pomieszczeń, w których ukrywali się ludzie, wrzucano granaty, strzelano do uciekających z płomieni. Krzyk palonych ofiar niósł się do odległej o 1 km polskiej kolonii Zamczysko.
Według raportu komisji Procházki ofiarą pacyfikacji padły 532 osoby – 374 Czechów, 132 Ukraińców i 26 Polaków. Według materiałów sowieckiej Nadzwyczajnej Komisji Państwowej do Badania Zbrodni Niemiecko-Faszystowskich Najeźdźców w Malinie zginęły 603 osoby, w tym 194 mężczyzn, 204 kobiety i 205 dzieci. Z masakry w Czeskim Malinie uratowały się 3 osoby, którym udało wydostać się z płonących budynków oraz 38-41 chłopców i mężczyzn, których Niemcy oszczędzili i wysłali do Ołyki i Pjanego ze zrabowanym dobytkiem.