Organizacja Organizacje wspierające działania VWI to wiedeńska Żydowska Gmina Wyznaniowa (IKG), (), Centrum Dokumentacyjne Austriackiego Ruchu Oporu (Dokumentationsarchiv des österreichischen Widerstandes DÖW), Instytut Historii Współczesnej na Uniwersytecie Wiedeńskim (), Muzeum Żydowskie w Wiedniu, Międzynarodowy Sojusz na Rzecz Pamięci o Holocauście (IHRA) oraz Centrum Badań nad Żydowską Historią Kulturową na Uniwersytecie w Salzburgu ().
Rada Dyrektorów VWI, decydująca o kształcie instytucjonalnym oraz kierunku rozwoju centrum, powoływana jest przez powyższe instytucje. Międzynarodowa Naukowa Rada Konsultacyjna odgrywa kluczową rolę przy podejmowaniu decyzji o charakterze badawczym. Składa się ona z dwunastu renomowanych naukowców pracujących na całym świecie oraz reprezentujących różne dyscypliny badawcze. Nie więcej niż trzech reprezentantów Rady to badacze austriaccy. Duży nacisk kładziony jest na jej interdyscyplinarność.
Instytut zarządzany jest przez dyrektora, opiekuna programu naukowego oraz pracowników odpowiedzialnych za bibliotekę, archiwum, publikacje, PR oraz prace administracyjne.