Przepisy szczególne dotyczące postępowania przygotowawczego (art. 25-26) Rozdział 6. Zmiany w przepisach (art. 27-58) Rozdział 7. Przepisy przejściowe, dostosowujące i przepis końcowy (art. 59-65).
Stanowiska wobec ustawy Rzecznik Praw Obywatelskich
Projekt ustawy wzbudził szereg wątpliwości Rzecznika Praw Obywatelskich Adama Bodnara w zakresie m.in. definicji pojęcia „zdarzenie o charakterze terrorystycznym”, prowadzenia przez szefa ABW wykazu osób podejrzanych, dostępu szefa ABW do danych zgromadzonych w rejestrach publicznych i ewidencjach, możliwości blokowania danych informatycznych, wprowadzenia obowiązku rejestrowania telefonicznych kart pre-paid, możliwości wydania decyzji o natychmiastowym wydaleniu cudzoziemca (również obywatela UE), mogącego prowadzić działalność terrorystyczną lub szpiegowską, wprowadzenia tzw. specjalnego użycia broni (art. 23), możliwość zastosowania tymczasowego aresztowania tylko na podstawie uprawdopodobnienia popełnienia, usiłowania lub przygotowania do popełnienia przestępstwa o charakterze terrorystycznym oraz w zakresie zmian wprowadzonych w kodeksie karnym.