Obydwaj ornitolodzy przyjaźnili się aż do śmierci von Berlepscha w 1915; po jego śmierci Hellmayr opublikował na łamach Journal für Ornithologie notkę biograficzną poświęconą zmarłemu ornitologowi.

Na początku 1903 Hellmayr dołączył do pracowników Zoologische Staatssammlung München w Monachium, gdzie organizował sekcję ornitologiczną Bavarian State Museum, której stał się kuratorem. Zgłosił się do przebadania kolekcji brazylijskich ptaków von Spixa; wskutek tego ukazało się Revision of Spix's Birds Types of Brazilian Birds. W 1903 ukazała się praca Paridae, Sittidae und Certhiidae, będąca obszerną monografią poświęconą sikorom (Paridae), kowalikowatym (Sittide) i pełzaczom (Certhiidae). W 1905 tymczasowo przeniósł się do Muzeum Historii Naturalnej w Tring (wtedy było to prywatne muzeum Waltera Rothschilda), gdzie trafił pod opiekę niemieckiego ornitologa Ernsta Harterta. Pobyt w Tring zaowocował licznymi publikacjami na łamach Novitates Zoologicae. Zimą 1905–1906 i kolejnych kilka razy Hellmayr odwiedzał Muzeum Historii Naturalnej w Paryżu;