Cele Program zmienia się z edycji na edycję, ale – jak piszą organizatorzy – „cele naszej akcji są wciąż takie same: żeby szkoła była miejscem ciekawej i mądrej edukacji, żeby uczniowie chcieli i lubili się uczyć, a nauczyciele chcieli i lubili uczyć. Żeby szkoła była żywą społecznością współpracujących ze sobą nauczycieli, uczniów i rodziców. Żeby nie była nudna i smutna. Żeby w uczniach widziała ludzi”.
Historia programu Szkoła z klasą (2002-2005) W pierwszej edycji organizatorzy ogłosili sześć zasad Szkoły z Klasą: Szkoła dobrze uczy każdego ucznia. Szkoła ocenia sprawiedliwie. Szkoła uczy myśleć i rozumieć świat. Szkoła rozwija społecznie, uczy wrażliwości. Szkoła pomaga uwierzyć w siebie, tworzy dobry klimat. Szkoła przygotowuje uczniów do przyszłości. Organizatorzy zakładali, że w programie udział weźmie 300 szkół, zgłosiło się ich 4424.
Akademia Szkoły z Klasą (2003-2007) Program był skupiony na szkołach wiejskich i z małych miast, miał wyrównywać szanse młodzieży z tych szkół. „Małe granty” na dodatkowe zajęcia prowadzone przez nauczycieli popołudniami, w weekendy i w czasie wakacji uzyskało blisko 2 tys. szkół z klasą dzięki wpłatom od sponsorów, wpływom z 1% na rzecz CEO i zbiórce publicznej, która przyniosła prawie 46 tys.