Działa fortowe zostały wycofane z użycia w roku 1906, chociaż pozostały one na miejscu. Zostały wpisane na Listę Zabytków 1925. Fort był używany w czasie II wojny światowej, kiedy zainstalowano tu baterię ciężkich dział przeciwlotniczych. Działa zostały zamontowane na betonowych podstawach, i rozmieszczone półkolem wewnątrz i na zewnątrz fortu. Skutkiem bombardowań lotniczych w czasie wojny były znaczne szkody w murach, budynkach i kaplicy fortowej. Fort został wycofany z użytkowania w roku 1964.
Dzieje współczesne Po zaprzestaniu użytkowania Fort Manoel został opuszczony i zostawiono go bez napraw. Niektóre jego części zostały umyślnie zniszczone przez wandali. W roku 1970 Royal Malta Yacht Club przejął część fortu jako siedzibę klubu, i pozostał tam do roku 2008, kiedy przeniósł swoją siedzibę do Ta’ Xbiex.
W roku 2001 firma budowlana MIDI plc rozpoczęła w forcie prace restauracyjne. Faza pierwsza projektu, obejmująca odnowienie piazza i odbudowę zrujnowanej kaplicy, zakończyła się w roku 2009. Druga faza, obejmująca odnowienie fortyfikacji zewnętrznych i stoku obronnego (glacis), została w roku 2012 zaakceptowana przez Malta Environment and Planning Authority.