Francuski garnizon kilkuset żołnierzy przejął fort 12 czerwca. Podczas późniejszego powstania Maltańczyków przeciw Francuzom, powstańcy maltańscy zbudowali baterię Għargħar oraz baterię Sqaq Cappara, aby ostrzeliwać fort Manoel. Maltańczycy atakowali fort wielokrotnie, Francuzi w odwecie co najmniej raz. 12 września 1799 roku grupa francuskich żołnierzy z fortu Manoel próbowała zniszczyć powstańcze stanowisko działa w San Ġwann, lecz zostali oni odparci przez powstańców.
Rządy brytyjskie thumb|Rekonstrukcja zdarzeń z okresu II wojny światowej w Forcie Manoel
Kiedy w roku 1800 Malta stała się brytyjskim protektoratem, oficjalne przejęcie Fortu Manoel przez Brytyjczyków odbyło się we wrześniu tegoż roku. W późnych latach XIX wieku, bartyzany na bastionach od strony Valletty zostały rozebrane, aby zrobić miejsce dla stanowisk dział. Jakiś czas później wprowadzone zostały znaczące zmiany w St. Anthony Bastion, kiedy jego magazyn prochu został zburzony, aby zrobić miejsce dla baterii trzech 12-funtowych dział okrętowych typu QF 12-pounder.