Bogactwo i siła nowego opactwa, jak też i prestiż sanktuarium, przyciągały tłumy pielgrzymów, co trwało aż do okresu reformacji. U stóp sanktuarium powstało miasteczko oferujące pielgrzymom gościnę. Opactwo nieprzerwanie cieszyło się względami książąt normandzkich, a następnie królów Francji.
W czasie wojny stuletniej opactwo zostało opasane nowym pierścieniem murów obronnych, teraz obejmujących także miasteczko. Anglicy próbowali je kilkakrotnie zdobywać, ale bezskutecznie. Pamiątką po jednym ze szturmów są dwie machiny oblężnicze pozostawione pod murami Mont Saint-Michel.
Począwszy od 1523 roku opata sanktuarium wyznaczał bezpośrednio król Francji, powierzając często pełnienie tej funkcji osobie świeckiej i dając jej prawo korzystania z dochodów klasztornych. Na terenie opactwa zostało zbudowane więzienie i klasztor się wyludnił. Przyczyniły się też do tego wojny religijne. W 1622 roku klasztor przeszedł w ręce benedyktynów z kongregacji świętego Maura, fundatorów szkoły, tylko w niewielkim stopniu troszczących się o utrzymanie budowli w dobrym stanie.
Z rokiem 1791, w następstwie rewolucji francuskiej, ostatni mnisi zostali wydaleni z opactwa, które zostało zmienione w więzienie.