Począwszy od 1793 roku przetrzymywano w nim ponad trzystu księży odmawiających przyjęcia nowej konstytucji cywilnej kleru.
Wobec protestów przeciwko aresztowaniu socjalistów Martina Bernarda, Armanda Barbès i Auguste Blanqui dekretem cesarskim z 1863 więzienie zamknięto. Opactwo przeszło następnie w ręce biskupa z Coutances.
W 1966 roku do opactwa przybyła grupa mnichów benedyktyńskich, jednak była ona nieliczna, przez co poszukiwano większej wspólnoty, która mogłaby tam zamieszkać.
W 2001 roku klasztor przekazano Monastycznym Wspólnotom Jerozolimskim.
Architektura thumb|250px|Widok na Mont Saint-Michel pod koniec X wieku (ryc. Paula Gout z 1910) thumb|250px|Ilustracja z Bardzo bogatych godzinek księcia de Berry, około 1415 thumb|250px|Mont Saint-Michel od południowego wschodu thumb|250px|Grande Rue thumb|250px|Bastion przy bramie wejściowej thumb|250px|Widok wzgórza z lotu ptaka thumb|250px|Pastwisko moutons de pré-salé przed Mont Saint-Michel Opactwo benedyktyńskie powstawało począwszy od X wieku z zestawionych, zachodzących na siebie części w stylach romańskim i gotyckim.