W 1993 stanął przed sądem w Tiranie oskarżony w jednym z procesów dekomunizacyjnych. Asllani, podobnie jak dziewięciu innych wysokich funkcjonariuszy państwa komunistycznego został oskarżony o nadużycie władzy i nadużycia finansowe i skazany na karę pięciu lat więzienia. W 1996 ponownie stanął przed sądem, oskarżony o zbrodnie przeciwko ludzkości. Tym razem otrzymał wyrok dożywotniego pozbawienia wolności. Karę odbywał w więzieniu 313 w Tiranie. Po wydarzeniach 1997 opuścił więzienie, a następnie skorzystał z dobrodziejstwa amnestii.
Asllani związał się ze zreorganizowaną Partią Pracy (Partia e Punës e Rinovuar), która powstała w latach 90., wchodząc w skład jej władz. W 2007 kandydował na stanowisko burmistrza Durrësu, ale przegrał w wyborach z politykiem Socjalistycznej Partii Albanii – Vangjushem Dako. Z partii Asllani został wydalony w maju 2013, po tym, jak wyraził sprzeciw wobec poparcia udzielonego przez partię środowisku albańskich homoseksualistówByroja Politike përjashton Muho Asllanin..
W 2015, wraz z innymi funkcjonariuszami partii komunistycznej został