W wyniku prowadzonej w ten sposób „ewakuacji” więźniowie masowo umierali z wyczerpania, głodu i pragnienia, ginęli w nalotach niemieckiego lotnictwa, byli mordowani przez konwojentów.
Przebieg ewakuacji Z wykazów odnalezionych w sowieckich archiwach wynika, że stan osadzonych w wilejskim więzieniu na dzień 10 czerwca 1941 roku wynosił 1031 osób. Inny dokument NKWD z czerwca 1941 roku, dotyczący planowanej ewakuacji więzienia, podaje natomiast, że ewakuacją zamierzano objąć 1023 więźniów.
23 czerwca 1941 roku przebywający w Mołodecznie przedstawiciel zarządu więziennictwa NKWD Białoruskiej SRR, naczelnik działu operacyjnego Pariemski, w rozmowie telefonicznej polecił naczelnikowi więzienia w Wilejce rozpocząć ewakuację więźniów. Następnego dnia strażnicy wyprowadzili większość osadzonych na dziedziniec wewnętrzny. W celach pozostały osoby niezdolne do marszu lub oskarżone o szczególnie ciężkie przestępstwa. Ze zgromadzonego na dziedzińcu tłumu wywołano według nazwisk 20 osób, którym rozkazano powrócić do cel. Następnie sformowano dwie kolumny – jedną złożoną z więźniów politycznych, drugą z więźniów kryminalnych – które wyprowadzono z więzienia i pognano w kierunku wschodnim. Niedługo później więzienie opuściła kolejna kolumna, złożona tym razem z około 200 kobiet.