Latem 2001 roku Belözoğlu przeniósł się do Włoch, gdzie podpisał kontrakt z Interem Mediolan. W Serie A zadebiutował 26 sierpnia w wygranym 4:1 pojedynku przeciwko Perugii, jednak przez cały sezon pełnił rolę rezerwowego, podobnie jak jego rodak Okan Buruk. W sezonie 2002/2003 Emre razem z drużyną wywalczył wicemistrzostwo Włoch oraz dotarł do półfinału Ligi Mistrzów. Za 2003 rok dostał także nagrodę „Pirata d’Oro” przyznawaną najlepszemu zawodnikowi Interu w danym roku. Rywalizacja o miejsce w linii pomocy „Nerazzurrich” była jednak na tyle duża, że w kolejnych latach borykający się z kontuzjami Emre nie mógł być pewien miejsca w wyjściowym składzie, przez co w 2005 roku postanowił zmienić klub. W ciągu pięciu sezonów spędzonych w barwach Nerazzurrich, Belozoglu rozegrał 108 meczów we wszystkich rozgrywkach.

Chęć pozyskania Turka wyraziły takie zespoły jak A.C. Milan, Manchester United, Arsenal F.C. i Liverpool, jednak piłkarz został przedstawiony jako nowy nabytek Newcastle United. Działacze „Srok” zapłacili za Emre niemal cztery miliony funtów. W Newcastle Belözoğlu spędził trzy lata, jednak w ich trakcie był trapiony przez kontuzje, przez co nie mógł w pełni pokazać swoich umiejętności.