Dla angielskiej drużyny strzelił między innymi zwycięskiego gola w wygranym 3:2 meczu z Sunderlandem, a miało to miejsce 23 października 2005 roku.
23 lipca 2008 roku Emre powrócił do kraju, gdzie został zawodnikiem Fenerbahçe SK. Pierwszą bramkę dla nowego klubu uzyskał w pojedynku kwalifikacji do Champions League przeciwko węgierskiej Hungárii Budapeszt, natomiast pierwsze trafienie w lidze zaliczył 5 grudnia w wygranym 1:0 wyjazdowym meczu z Denizlisporem.
1 lipca 2012 roku podpisał dwuletni kontrakt z hiszpańskim Atlético Madryt. 7 lipca odbyła się oficjalna prezentacja Emre na Estadio Vicente Calderón, zaś 31 sierpnia zadebiutował w Superpucharze Europy przeciwko Chelsea. Spotkanie zakończyło się zwycięstwem hiszpańskiego klubu 4:1, a Emre pojawił się na boisku w 87 minucie.