W styczniu 2013 roku powrócił do Fenerbahçe SK, podpisując 2,5 letni kontrakt. Suma transferu wyniosła 350 tysięcy euro. W latach 2013–2015 Emre wystąpił w 56 spotkaniach w których strzelił 14 bramek. Po sezonie 2014/2015 zawodnik rozstał się z ekipą „Kanarków”. Został wówczas zawodnikiem İstanbul Başakşehir. Przed rozpoczęciem sezonu 2018/2019 ogłosił, że będzie to jego ostatni sezon w rozgrywkach piłkarskich. Niespodziewanie jednak 2 lipca 2019 roku Fenerbahçe ogłosiło, że Belözoğlu zostanie ich piłkarzem po raz trzeci w karierze. Po zakończeniu sezon definitywnie zakończył karierę piłkarską.
Kariera reprezentacyjna Emre ma za sobą występy w młodzieżowych reprezentacjach Turcji. Grał w drużynach do lat 15, 16, 17, 18 i 21, dla których łącznie rozegrał 73 spotkania.
W seniorskiej kadrze zadebiutował 23 lutego 2000 roku w przegranym 0:2 meczu z Norwegią. Pierwszego gola strzelił dla niej natomiast 2 września tego samego roku podczas wygranego 2:0 pojedynku z Mołdawią. Następnie Belözoğlu wystąpił na Mistrzostwach Świata 2002, na których Turcy wywalczyli trzecie miejsce. Na mundialu tym Emre był podstawowym graczem drużyny narodowej, wystąpił w sześciu spotkaniach, a w 56 minucie zremisowanego 1:1 meczu rundy grupowej przeciwko Kostaryce wpisał się na listę strzelców.