Historia Kościół jest położony na szczycie wzgórza Carignano, oddzielającego od wschodu miasto od Zatoki Genueńskiej. Jego budowa wydaje się być od początku związana z rodziną Sauli. Bendinello Sauli testamentem z 16 października 1481 roku przekazał część swojej posiadłości pod budowę kościoła dedykowanego Najświętszej Maryi Pannie oraz Świętym Fabianowi i Sebastianowi. W 1543 roku jego spadkobiercy, w celu wykonania jego testamentu, nawiązali kontakt z architektem Galeazzem Alessim, którego poznali wcześniej. W 1548 roku Alessi przeniósł się z Perugii do Genui, a 7 września następnego roku podpisał z rodziną Sauli umowę, w której zobowiązał się do sporządzenia w ciągu 2 lat projektu świątyni oraz do osobistego nadzorowania robót budowlanych. 10 marca 1552 roku poświęcono kamień węgielny pod budowę. W 1555 roku mistrzowie murarscy Giacomo Ponzello i Stefano Gandolfo zaangażowali się w dostarczenie kamienia z Finale Ligure, potrzebnego do obłożenia dolnej części murów kościoła. Kamień z Finale reprezentuje typ półtwardego piaskowca, odznaczającego się zwartą, ziarnistą konsystencją i ciepłym, różowym kolorem.