W przededniu wojny 31 Korpus Piechoty wszedł w skład 5 Armii Kijowskiego Specjalnego Okręgu Wojennego. Po wybuchu wojny z Niemcami, rozkazem НКО СССР № 077 z 13 września 1941 roku został przeniesiony do Przywołżańskiego Okręgu Wojennego a następnie mianowany dowódcą 41 Dywizji Piechoty w (ros. ПриВО) Południowo–Zachodniego Frontu. Rozkazem НКО СССР № 047/3 z 12 grudnia 1941 roku został awansowany do stopnia pułkownika. W tym samym roku wstąpił do partii komunistycznej. Od pierwszych dni wojny 31 Korpus Piechoty brał udział w walkach na Froncie Południowo–Zachodnim a we wrześniu 1941 roku uległ całkowitemu rozbiciu. Bajerski wyszedł z okrążenia, lecz został ranny. Po wyleczeniu od końca listopada 1941 roku służył w Oddziale Operacyjnym Kierunku Południowo–Zachodniego. Od grudnia 1941 roku był w dyspozycji Rady Wojennej Nadwołżańskiego Okręgu Wojennego. 21 stycznia 1942 roku został mianowany p.o. dowódcy, a następnie dowódcą formowanej w okręgu, 41 Dywizji Piechoty. Dowodził nią w czasie ofensywy pod Charkowem. 41 Dywizja Piechoty 25 maja 1942 roku została otoczona i rozbita, Bajerski został ranny i trafił do niewoli niemieckiej. W 1943 roku, rozkazem ГУК НКО СССР № 0627 został uznany za zaginionego bez wieści i wykreślony z list Armii Czerwonej.