22 czerwca 1941 roku nazistowskie Niemcy dokonały inwazji na Związek Radziecki. Pierwsze tygodnie wojny miały bardzo pomyślny przebieg dla strony niemieckiej. Dywizjom Wehrmachtu udało się bowiem rozbić wojska nadgranicznych okręgów wojskowych ZSRR, a następnie wedrzeć się w głąb sowieckiego terytorium. Wobec szybkich postępów niemieckiej ofensywy NKWD przystąpiło do likwidacji więźniów politycznych przetrzymywanych w strefie działań wojennych. Latem 1941 roku w więzieniach i aresztach na Kresach Wschodnich zamordowano od 20 tys. do 30 tys. osób.
Przebieg wydarzeń Z wykazów odnalezionych w sowieckich archiwach wynika, że stan osadzonych w krzemienieckim więzieniu na dzień 10 czerwca 1941 roku wynosił 452 osoby. Inne dokumenty NKWD z czerwca 1941 roku, dotyczące planowanej ewakuacji więzienia, informują, że na wschód zamierzano wywieźć 439 lub 461 więźniów. Z kolei Wykaz odjazdów i ruchu transportów z więzień NKWD Ukraińskiej SRR oraz raport na temat przebiegu ewakuacji więzień Ukraińskiej SRR, podają, że do momentu rozpoczęcia ewakuacji w więzieniu znajdowało się 360 więźniów.