26 czerwca 1941 roku sowiecki personel opuścił więzienie – rzekomo na polecenie naczelnika miejscowej placówki NKWD. Funkcjonariusze pozostawili więźniów w celach i udali się w kierunku Katerburga, skąd powrócili dopiero po kilku godzinach. Podczas ich nieobecności 191 więźniów zdołało wydostać się na wolność. Z tego powodu naczelnik Riabow został później pozbawiony stanowiska; w sprawie tej wszczęto również dochodzenie.
Część osadzonych NKWD zdołało ewakuować na wschód. Wykaz odjazdów i ruchu transportów z więzień NKWD Ukraińskiej SRR podaje, że 17 lipca 1941 roku do Złatoustu przybył transport ze 138 więźniami z Krzemieńca. Pozostałych więźniów postanowiono zlikwidować na miejscu. Sowieckie dokumenty milczą na temat przebiegu tych egzekucji oraz liczby zamordowanych. Według jednej z polskich relacji enkawudziści zamordowali kilkuset Ukraińców i Polaków, a według ukraińskiej „prasy gadzinowej” – 1500 Ukraińców. Po wkroczeniu wojsk niemieckich w więzieniu przeprowadzono ekshumację. Raporty Einsatzgruppen informują, że w jej wyniku odnaleziono około 100–150 zwłok.