Część pensjonariuszy pińskiego więzienia NKWD postanowiło zlikwidować na miejscu. Sowieckie dokumenty milczą na temat przebiegu tych egzekucji oraz liczby zamordowanych. Z relacji polskich świadków wynika natomiast, że ofiary zabijano na terenie więzienia, w budynku milicji oraz w koszarach 84 Pułku Strzelców Poleskich przy ul. Albrechtowskiej, gdzie po rozpoczęciu okupacji ulokowano siedzibę miejscowej placówki NKWD.
Po zajęciu Pińska przez wojska niemieckie w piwnicach więzienia odnaleziono zamurowane pomieszczenie wypełnione zwłokami. Ze względów sanitarnych Niemcy zabronili jednak ekshumacji i polecili ponownie zamurować piwnicę. Być może nie było to jedyne miejsce pochówku ofiar masakry więziennej.
Według relacji mieszkańća Pińska, Nikołaja Paluchowicza, podwórze byłego teatru Korzeniowskiego, w którym Sowieci przetrzymywali swoich więźniów, było wypełnione zmasakrowanymi ciałami pomordowanych ludzi, a ściany budynku oraz piwnic ociekały krwią ofiar. Na początku lat osiemdziesiątych XX w., podczas prac budowlanych przy restauracji pińskiego kolegium jezuickiego, w którym NKWD również przetrzymywało więźniów, robotnicy przypadkowo odkryli podziemia wypełnione ludzkimi szkieletami. Z rozkazu władz piwnice te wówczas natychmiast zamurowano.