Pustelnia Glińska jako stale obsadzony monaster funkcjonował już z pewnością w 1703. Na początku XVIII w. metropolita kijowski Warłaam podporządkował ją monasterowi Świętych Piotra i Pawła w Baturynie. Mecenasem monasteru był w I połowie tego samego stulecia książę Aleksandr Mienszykow, który podarował klasztorowi 5000 hektarów ziemi i zbudował w 1724 drugą drewnianą cerkiew Wniebowstąpienia Pańskiego. W 1731 monaster został podporządkowany Pustelni Mołczeńskiej. W 1764, podczas sekularyzacji majątków cerkiewnych, caryca Katarzyna II nie zdecydowała o likwidacji Pustelni Glińskiej, ale nie wyznaczyła też dla niej państwowego uposażenia – monaster pozostał nieetatowy. W tym roku w monasterze żyło 8 mnichów i 15 świeckich pracowników, zaś w 1785 – łącznie 35 mężczyzn. Już jednak na początku XIX w. liczba mieszkańców Pustelni Glińskiej spadła do kilku osób. W II połowie XVIII w. do monasteru kierowano białych (niezakonnych) duchownych, na których sądy cerkiewne nałożyły kary kanoniczne.