Kompleks monasteru składał się w 1764 z drewnianego soboru Narodzenia Matki Bożej, w którym wystawiona dla kultu była Glińska Ikona Matki Bożej, a główną dominantą wyposażenia był czterorzędowy ikonostas. Oprócz tej cerkwi w Pustelni Glińskiej znajdowała się mniejsza cerkiew św. Mikołaja (spłonęła w 1769), drewniana wolnostojąca dzwonnica, budynki mieszkalne dla przełożonego i mnichów, refektarz, kuchnia, piekarnia, spichlerze, dom dla pielgrzymów. W latach 1770–1781 wzniesiono murowany sobór Narodzenia Matki Bożej z bocznym ołtarzami św. Mikołaja i Przemienienia Pańskiego. Oprócz Glińskiej Ikony Matki Bożej w soborze szczególną czcią otaczana była Mołczeńska Ikona Matki Bożej oraz ikony św. Jana Teologa i św. patriarchy konstantynopolitańskiego Genadiusza. W 1812 monaster zbierał ofiary na potrzeby rosyjskiego wojska.
Rozkwit monasteru w XIX w. Okres sprawowania obowiązków przełożonego Pustelni przez Filareta (Danilewskiego), tj. lata 1817–1841, był czasem rozkwitu monasteru. Filaret wprowadził w klasztorze regułę wzorowaną na ustawach monasterów Athosu, stała się ona następnie wzorem dla kolejnych piętnastu monasterów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.