Jan Igor Rybak i Krzysztof Dusoge w 1970 roku opublikowali monografię opisującą stację i jej wyposażenie, a kilka lat później powstała książka „Traperzy nauki” Witolda Tyrakowskiego, której bohaterami byli pracownicy i goście stacji. W roku 1972 na skutek kontroli NIK w Instytucie Ekologii PAN zarzuty postawiono m.in. Rybakowi, a zwolniono Zdzisława Kajaka, kierownika Zakładu Hydrobiologii PAN, któremu podlegała stacja. Zarzuty ostatecznie wycofano, ale Kajak zrezygnował z funkcji. W 1973 roku kierownikiem stacji ponownie został Szczepański, który w międzyczasie pracował w Zakładzie Hydrobiologii PAN poza stacją. W tym okresie stacja zerwała współpracę z Zakładem Hydrobiologii UW, a nawiązała z Instytutem Mikrobiologii UW. Niedługo potem stacja zmieniła nazwę z Hydrobiologicznej na Terenową. W 1980 roku w stacji odbyła się konferencja założycielska Sekcji Fykologicznej Polskiego Towarzystwa Botanicznego. W 1983 roku zmarł Szczepański, a kierownikiem stacji został Lech Kufel. Z jego inicjatywy od przełomu lat 1988/1989 zaczęto wydawać czasopismo podsumowujące osiągnięcia stacji Hydrobiological Station Mikolajki. Progress Report. Na przełomie lat 80. i 90. XX wieku dawny pracownik naukowy stacji, a od kilku lat kierownik jej działu administracyjno-technicznego, Janusz Kornatowski, został burmistrzem Mikołajek.