Zaowocowało to m.in. wyasfaltowaniem ulicy prowadzącej od zwartej części miasta do stacji. W 1997 roku, częściowo na skutek wewnętrznych konfliktów z Jarosławem Sawickim, kierownikiem administracyjnym, Kufel przeniósł się do centrum instytutu w Dziekanowie Leśnym, a jego miejsce zajęła Jolanta Ejsmont-Karabin. Niedługo potem Jarosława Sawickiego zastąpiła Irena Sawicka. W 2001 roku sytuacja finansowa IE PAN robiła się coraz gorsza, jednak zorganizowano obchody 50-lecia stacji. Na przełomie września i października 2002 roku zlikwidowano IE PAN, powołując jednocześnie mniejszą jednostkę – Centrum Badań Ekologicznych PAN, w którego struktury weszła stacja, tracąc autonomię jednostki naukowej. Wówczas personel zmniejszył się z 23 osób do 8, w tym tylko dwóch naukowczyń. Centrum zlikwidowano z końcem 2013 roku, a 1 stycznia 2014 roku stacja ponownie stała się jednostką Instytutu Nenckiego PAN. W międzyczasie, w 2003 roku powstało Konsorcjum użytkowników Stacji Hydrobiologicznej złożone z właściciela stacji – odpowiedniej jednostki PAN oraz jednostek Uniwersytetu Warszawskiego, Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego i Uniwersytetu Przyrodniczo-Humanistycznego w Siedlcach. Pierwszym przewodniczącym Rady Konsorcjum Użytkowników Stacji w 2004 roku został Ryszard Chróst (mikrobiolog z UW).