Po powrocie do Polski zajął się tzw. muzyką alternatywną. Początkowo dołączył do wrocławskiej grupy Őszibarack. Od 2009 jest członkiem zespołu Warszawskie Combo Taneczne, wykonującym przede wszystkim utwory przedwojennych pieśniarzy warszawskich. W roku 2012 wraz z pianistką Joanną Dudą założył duet J=J, oraz trio Pole, którego nazwę zmieniono na Polonka. Dołączył do zespołu Baaba oraz stworzył Młynarski Plays Młynarski. W latach 2000–2006 współtworzył formację 15 Minut Projekt. Wraz z pianistą Marcinem Maseckim stworzył Jazz Band Młynarski-Masecki odwołujący się do tradycyjnej przedwojennej muzyki warszawskiej. Współpracował ponadto m.in. z takimi wykonawcami jak: WWO, Kayah, Gaba Kulka czy Gordon Haskell.
W latach 2018–2020 na antenie Programu Trzeciego Polskiego Radia w niedzielne popołudnia prowadził audycję „Dancing, salon, ulica”, w której przypominał sylwetki muzyków działających na terenie Polski, którzy największą popularność zyskali w okresie dwudziestolecia międzywojennego. W programie można było usłyszeć również ich piosenki. Z rozgłośnią rozstał się w kwietniu 2020.