W swojej autobiografii opisał swe dziecięce przygody, takie jak bójki na podwórku, odtwarzanie romantycznych bitew z okresu wojen o szkocką niepodległość czy poszukiwanie ptasich gniazdMuir, John (1916). The Story of My Boyhood and Youth. Houghton Mifflin Co. p. 25. ISBN 978-1-883011-24-6.. Amy Marquis pisze, że John w młodości rozpoczął ,,romans z przyrodą” i sugeruje, że mogła to być reakcja na surowe religijne wychowanie. ,,Jego ojciec uważał, że wszystko co odciąga uwagę od studiowania Biblii jest frywolne i zasługujące na karę.” Jednak młody Muir był ,,niespokojnym duchem’’, często obrywającym lanieMarquis, Amy Leinbach (Fall 2007). "A Mountain Calling". National Parks Magazine. Archived from the original on July 27, 2011. Retrieved October 23,2009.. Johna zafascynował krajobraz East Lothian i wiele czasu spędzał na przemierzaniu okolicznych wsi i wycieczkach wzdłuż wybrzeża. W tym właśnie czasie zainteresował się historią naturalną i pracami szkockiego przyrodnika Alexandra Wilsona.