Zagrożenia i ochrona W Czerwonej księdze gatunków zagrożonych został zaliczony do kategorii LC – gatunków najmniejszej troski. Jest on endemiczny dla Europy. Ma stosunkowo szeroki zakres występowania w obszarach górskich w południowo-zachodniej i zachodniej części Europy. Szacowany zakres występowania koniczyny alpejskiej przekracza wartości potrzebne, aby zaliczyć ją do kategorii zagrożonych gatunków. Pomimo że niektóre z jego siedliska mają tendencję spadkową spadkami, to nie prowadzą one znacząco do spadku populacji tego gatunku, w związku z czym został uznany on za najmniejszej troski.
Roślina występuje na obszarach chronionych, takich jak między innymi obszar Natura 2000 Foresta di Legnoli we Włoszech czy w Parku Narodowym Écrins we francuskich Alpach. Ponadto jej okazy znajdują się w 27 ogrodach botanicznych, a jej nasiona są przechowywane ex situ w kilku instytucjach, między innymi w banku nasion ogrodów Kew Gardens.