20 maja 2008 rozpoczął się proces przeciwko Arnoldowi Meri. Oskarżony nie przyznał się do winy. W swojej obronie Meri twierdził, że nie był w stanie kontrolować nadużyć lokalnych władz i ostatecznie wycofał się z tego procesu. Za tę decyzję on sam został oskarżony, pozbawiony zaszczytów wojskowych i wydalony z partii komunistycznej w 1949. Meri utrzymywał również, że stał się celem obecnych władz estońskich w odwecie za swoje antyfaszystowskie działania i ostrą krytykę posunięć rządu.

Arnold Meri zmarł 27 marca 2009, co jednocześnie zakończyło i umorzyło toczący się przeciwko niemu proces. Prezydent Federacji Rosyjskiej Dmitrij Miedwiediew złożył kondolencje wdowie po zmarłym. Wojskowy został pochowany na cmentarzu w Tallinnie, gdzie żegnało go kilkaset osób.