Po wyzdrowieniu powrócił do Albanii i do wykładów w szkoderskim seminarium, w którym objął funkcję rektora.
W 1943 przeniósł się do Tirany. Był świadkiem walk o Tiranę w listopadzie 1944, w czasie których został ranny w rękę. W 1945 mianowany wiceprowincjałem zakonu jezuitów. Aresztowany 31 grudnia 1945, wspólnie z ks. Danielem Dajanim przez funkcjonariuszy Departamentu Obrony Ludu. Przez dwa miesiące Fausti przebywał w odosobnieniu, był poddany torturom. Oskarżano go o działalność szpiegowską na rzecz Watykanu i państw zachodnich. W lutym 1946 stanął przed sądem, który 22 lutego skazał go na karę śmierci. 4 marca 1946 został rozstrzelany pod murem cmentarza katolickiego w Szkodrze. Jego ostatnie słowa miały brzmieć: Niech żyje Chrystus król, niech żyje Albania.
Fausti znajduje się w gronie 38 Albańczyków, którzy 5 listopada 2016 w Szkodrze zostali ogłoszeni błogosławionymi. Beatyfikacja duchownych, którzy zginęli "in odium fidei" została zaaprobowana przez papieża Franciszka 26 kwietnia 2016Albanian church awaits beatification of 38 communist-era martyrs.