Rozwój Gra Agar.io po raz pierwszy ukazała się na portalu 4chan 27 kwietnia 2015 roku. Została napisana w języku JavaScript oraz C++ w ciągu kilku dni. Początkowo nie miała nazwy, a użytkownicy musieli łączyć się z adresem IP Valadersa, aby grać. Nazwa Agar.io została zaproponowana przez anonimowego użytkownika forum 4chan. Proponowano też nazwę Cell.io, jednak domena ta była już zajęta. Valaders ciągle aktualizował i dodawał nowe funkcje do gry, takie jak system doświadczalny i „eksperymentalny” do testowania ekspermentalnych funkcji. Tydzień później ogłoszono edycję na platformę Steam w systemie free-to-play. Planowano włączyć funkcje specjalne w wersji Steam niedostępne w wersji przeglądarkowej, w tym dodatkowych modów, niestandardowych stylów, a także systemu kont. W 2017 platforma Steam Greenlight została zamknięta a gra nie została wypuszczona (stan na styczeń 2021).
. Sergio Varanda, kierownik wersji mobilnej, wyjaśnił, że głównym celem mobilnej wersji było „odtworzyć doznania” na smartfonie lub tablecie, powołując się na trudności z graniem na ekranie dotykowym.