W sezonie 2006/2007 Zagłębie uczestniczyło również w Challenge Cup, dochodząc w nim do półfinału, w którym przegrało z rumuńskim CS UCM Resita.
W sezonie 2007/2008 Zagłębie ponownie dotarło do finału mistrzostw Polski, w którym zostało pokonane przez Wisłę Płock. W sezonie 2007/2008 lubiński zespół przystąpił również do gry w Lidze Mistrzów. W grupie G odniósł jedno zwycięstwo, zanotował jeden remis (z norweskim Drammen HK (33:33) na wyjeździe) i poniósł cztery porażki. Z dorobkiem trzech punktów zakończył rywalizację na ostatnim miejscu w tabeli. Wyjazdowe zwycięstwo z niemieckim SG Flensburg-Handewitt (33:32), które Zagłębie odniosło 11 października 2007, zostało uznane przez obserwatorów za sensację. W latach 2008–2011 klub kończył rundę zasadniczą rozgrywek ligowych na miejscach gwarantujących grę w play-offach. W sezonach 2008/2009 i 2009/2010 Zagłębie dotarło do finału Pucharu Polski, w którym dwukrotnie przegrało z Vive Kielce. W latach 2011–2015 klub walczył w Superlidze o miejsca 9–12. W sezonie 2015/2016 ponownie zagrał w fazie play-off – w meczu o 7. miejsce pokonał Chrobrego Głogów (30:19;