Czas zaborów i I wojny światowej W okresie zaborów rząd pruski podejmował próby zlikwidowania seminarium gnieźnieńskiego (1801, 1822, 1835). Tylko dzięki protestom arcybiskupa Ignacego Krasickiego udało się uniknąć zamknięcia instytucji. Kolejny ordynariusz – arcybiskup Ignacy Antoni Raczyński w 1811 roku, w trosce o podniesienie poziomu wykształcenia kleru diecezjalnego, wprowadził obowiązek czteroletnich studiów seminaryjnych. Klęska Napoleona niosła za sobą podział terytorium Księstwa Warszawskiego. Prusacy rozpoczęli zagorzały atak mający zlikwidować archidiecezję gnieźnieńską. Doprowadziło to do usunięcia Księży Misjonarzy z Gniezna, po przeszło stuletniej pracy w seminarium gnieźnieńskim.
1835-1875 – Arcybiskup Marcin Dunin nie zgodził się na zamknięcie seminarium gnieźnieńskiego. Utworzył on seminarium wspólne dla diecezji gnieźnieńskiej i poznańskiej. Przebieg studiów w nim wyglądał następująco: po trzyletnim przygotowaniu teoretycznym w seminarium poznańskim, alumni udawali się na kurs praktyczny do seminarium gnieźnieńskiego, które otrzymało nazwę: Seminarium Clericorum Practicum – czyli Seminarium Praktyczne. Taka sytuacja trwała aż do roku 1927. W okresie Kulturkampfu rząd pruski zamknął obydwa seminaria. Gnieźnieńskie seminarium przerwało swoją działalność w 1875 r.